Nació el 12 de noviembre de 1929 en Garmisch-Partenkirchen, Alemania.
Único hijo de Edgar Ende, pintor surrealista, desde pequeño convive con la bohemia de Schwabing entre pintores, escritores y escultores.
En 1940 entra al Instituto Humanístico, donde estudia cinco años hasta que toma la desición de ser actor.
Durante la II Guerra Mundial participó como mensajero de una organización clandestina antinazi. Tras la guerra, un amigo lo acerca a una comunidad cristiana fundada por el pensador Rudolf Steiner. Allí tuvo su primer contacto con la filosofía.
Ingresó en la escuela de teatro, permaneciendo en ella entre 1947 y 1950, sin tener ningún éxito. Escribió guiones para Cabaret y fue director del "Teatro del Pueblo" en Münich. Más tarde fue crítico de películas para el Bavarian Broadcasting Comapy.
Su primera novela Jim knoppf and Lukas the Engine Driver fue publicada en 1960 y tuvo un gran éxito. En Estados Unidos se tituló Jim Button. En Roma escribe Momo, para muchos el texto más interesante de su trayectoria como escritor, que cosecha el Premio al Libro Juvenil Alemán en 1974.
Con La historia interminable, salta a la fama mundial y marca una pauta en la historia de la literatura infantil y juvenil que supone una renovación del género y una reivindicación del lugar que ocupan los libros para niños. En 1985, debido a la muerte de su mujer, regresa a Alemania y se casa con quien fuera su traductora al japonés.
