Juan Villoro nació en México, en el Distrito Federal, el 24 de septiembre de 1956. Estudió Sociología en la Universidad Autónoma Metropolitana. Condujo el programa de Radio Educación, “El lado oscuro de la luna” de 1977 a 1981 y fue agregado cultural en la Embajada de México en Berlín Oriental, dentro de la entonces República Democrática Alemana, de 1981 a 1984. Ha ejercido como director del suplemento “La Jornada Semanal” de 1995 a 1998, además de impartir talleres de creación y cursos en instituciones como el Instituto Nacional de Bellas Artes y la Universidad Nacional Autónoma de México.
Como redactor ha colaborado en las revistas Cambio, Gaceta del Fondo de Cultura Económica, Universidad de México, Crisis, La Orquesta, La Palabra y el Hombre, Nexos, Vuelta, Siempre!, Proceso y Pauta, de la cual fue jefe de redacción, así como en los periódicos y suplementos La Jornada, Uno más uno, Diorama de la Cultura, El Gallo Ilustrado, Sábado, entre otros.
De 1976 a 1977 fue becario del INBA en el área de narrativa y del Sistema Nacional de Creadores Artísticos de 1994 a 1996.
Villoro ha sido profesor en la Universidad Autónoma de Madrid, en Yale, Universidad Pompeu Fabra de Barcelona y Princeton.
En 1991 publicó su primera novela El disparo de argón pero su éxito como novelista llegó en 2004 con El testigo, Premio Herralde.
Vive entre México y España.